在政权交替的关口，著名知识分子是国共两党争取与争夺的对象。在当年国民党中央研究院的81位院士中，除24位选择离开外，其余的都像竺可桢一样，选择了留下
1949年5月6日，距上海解放还有20天，杭州已经解放了3天。浙江大学校长竺可桢走在上海的枫林桥上。他刚刚去看了上海医学院的朋友回来，在此，与蒋经国不期而遇。此时，蒋经国正在上海指挥将国库中的金条运往台湾。
虽然竺可桢与蒋介石和蒋经国父子素来关系不错，但现在蒋经国却是竺可桢最不想遇到的人。蒋经国开口便劝竺可桢赶紧赴台，并说是以父亲的名义请他去。竺可桢婉言相却。回到住所，竺可桢向身边的学生讲述了这件事，他的学生中很多都是中共地下党员，马上建议他以后少出门少露面，竺可桢听从了。
竺可桢确确实实感觉到了危险。在这一年的2月，他得知浙江省主席陈仪被免职的消息。陈仪一向对浙江大学多有照顾，这让竺可桢“心里极为不安”。特别是听说，陈仪的罪名之一，就是因为此前浙大5名学生被释放时，学生们沿途游行并贴标语，结果被特务们报告上去，说陈仪对学生们的行为不闻不问——这让竺可桢不能不联想到自己，他对学生的“纵容”在国民党当局中是有名的了。
到了4月，有朋友透露消息给竺可桢，说他被国民党当局列入到一个“和平分子”黑名单中。国民党当时有两个黑名单，一个是更“黑”的“反动分子”名单，那张名单上的人名一般人不易见到，而“和平分子”名单上的人，有许多都是竺可桢的朋友。
竺可桢是4月30日到上海的，5月2日他上街头买报纸，发现报载他已经“飞台湾”，这让他大为惊惶，不知消息从何而来。到了这种政权交替的关口，像竺可桢这样的著名知识分子，是国共两党争取与争夺的对象，他们的一举一动都成为政治风向的一部分，他们处境微妙复杂，也险象四伏。
国民党方面要拉他去台湾，而且通过不只一条渠道向他表达。教育部长杭立武在他来上海的第一天就要他去台湾，但是他没有答应。后来，他的老友傅斯年从台湾来电，邀请他去台湾大学，他予以辞谢。这回，是蒋经国当面向他传递蒋介石的意思，让他去台湾。
蒋经国后来在日记中记载了这次会面。澳门赌场院史研究室原主任樊洪业对《中国新闻周刊》记者说，他曾经在蒋经国日记中看到过这段，说竺可桢当时不但不去台湾，还劝蒋经国也留在大陆。但是，在竺可桢的日记中，关于这次相遇并没有写到这些。“我认为以竺可桢先生的为人，他不太可能去劝蒋经国的。当时有不少人去了台湾，包括与竺可桢关系很亲密的学生，他也没讲什么。他觉得每个人的去留都有他自己的理由。”
但是，如果国民党拉不走竺可桢，也不是不存在劫持或是暗杀的可能。从今天披露出的史料看，当年国民党军警就曾扣压了民主人士张澜和罗隆基，准备以押送台湾的名义，在途中将其处死，幸为潜伏在国民党中的中共地下党员所救。
失望与希望之间
1949年是一个特殊的年头。整个中国正在发生历史性的巨变，而这个年头的每个人，也必须做出自己的选择。对于竺可桢来说，他的抉择还要多一重：他这个浙大校长还要不要干下去。
他已经在浙大校长的任上干了13年。1936年1月，正担任中央研究院气象所所长的竺可桢，听老友翁文灏说，浙大的原校长郭任远干不下去了，国民党中央委员陈布雷准备向蒋介石推荐他出任此职。
竺可桢的第一反应是不愿意。他知道大学校长工作的纷繁复杂，更放不下他热爱的气象研究工作，放不下他亲手打造起来的气象所。蒋介石为这件事，专门约见他面谈，竺可桢本来想当面向蒋婉言辞谢，但蒋见了竺可桢印象甚好，更要任命他做浙大校长了。
许多朋友都劝竺可桢赴任，理由是，中国的文化近年来衰退，需要一所大学做中流砥柱。竺可桢自己也在日记中写道：“郭(任远)之失败乃党部之失败……故此时余若不为浙大谋，(而采取)明哲保身主义，则浙大又必陷于党部之手……”到了3月，竺可桢告诉陈布雷，他可以接掌浙大。1936年4月25日，竺可桢到浙江大学上任，没想到，不久就战争爆发。
竺可桢任浙大校长的13年中，经历艰苦卓绝的抗日战争，浙大四迁校址，在千里跋涉中艰难办学，竺可桢在“求是”的校训下，选贤任能聚集起一大批一流教授人才，到了抗日战争结束时，当时在西南一隅的浙大已跨入中国一流大学的行列，成为当时最好的四五所大学之一，被誉为“东方剑桥”。
但是到了浙大复归杭州以后，竺可桢发现，他这个校长更难当了。一方面，国民党日益腐败独裁，统治愈发残酷；另一方面，学生们的反抗情绪愈发激烈，动不动就上街游行。
1947年10月26日凌晨，浙大的学生自治会主席于子三和另3名同学被国民党特务秘密逮捕。竺可桢当天中午得知消息，立刻前往营救，而那些国民党高官们，有的高卧未起，有的推说不知，最终才确认于子三确实被捕了。按当时的法律规定，刑事拘留时间不得超过24小时，但是保安司令和警察局长却一再推托，学生们被激怒，说，如果29日人没有被送法院或释放，30日就罢课！
29日下午，省府来了消息，说有要事要谈，却又久久不见人来。竺可桢心知有异，又赶到省府，被告知，于子三已经“自杀”了。看到于子三伤痕累累的遗体，竺可桢几乎晕倒。当国民党特务们要求竺可桢在“自杀”的检验证书上签字时，竺可桢说，我只能证明于子三已死，不能证明他是用玻璃片自杀的！
竺可桢对于学生的感情，用浙大校友们的总结，叫做“爱生如子”，另外还有4个字，是“爱校如家”。当年的浙大毕业生，后来中共浙大地下党的负责人许良英告诉《中国新闻周刊》，“当时全国没有几个大学校长能像他那样，有学生被捕，他都要到监狱去看学生。审判时他直接去旁听，他比学生的父亲还关心他的儿子。”1943年5月29日，竺可桢到重庆的北碚去看望两名被关押的学生。在那天的日记中他写道，看望完回到车站，他看到“一穿制服者押一学生模样的加手铐者来，余为之泪下。……”
作为大学校长，竺可桢一边要与国民党当局的暴行抗争，一方面又要平息校内学生们的情绪，不要做出过激行动。然而浙大的学生果然罢课了，而且浙大的教授们也参加，成为浙大历史上唯一的一次罢教。接着，北平、上海各校开始响应，形成1947年中国的第三次学运高潮。
这时的竺可桢，在努力劝说学生们复课但学生们不听的情况下，生了辞职之心，他匆匆赶赴南京。刚到那里就听说，学生们已表示次日复课，并支持校长在南京的一切行动。当南京的新闻记者前来采访，问到于子三是否自杀时，竺可桢回答说：于子三“作为一个学生是一个好学生，此事将成为千古奇冤”。他的言论一出，国民党当局一片被动。
所以，竺可桢日后多年在他的一份“思想自传”中写道，“国民党特务视浙大为眼中钉，而且在他们看来我是站在学生方面，是他们的对立面。在他们撤走之前，有可能做些对我不利的事情。”
而竺可桢对学生的爱护，也是获得共产党方面好感的重要原因。
1949年2月，在中共地下党控制下的浙大学生自治会发起了为竺可桢祝贺六十岁生日的活动。当年中共杭州市工委的负责人之一许良英说，活动是他建议的，在浙大校园里搞了一个星期，还举办了浙大校史展览，不光是学生，许多教授也参加进来。作为竺可桢，他并不知道这个活动背后是有组织的，而且学生们以为他的生日是2月25日，实际是3月7日，但他确确实实感到了浙大师生们对他的厚爱——那份感情都是发自内心的。在此之前，许良英还主持做了一件事，在1949年元旦的时候，以“中国共产党杭州工作委员会”的名义，给一批进步人士写信拜年，并希望留下参加新中国的建设。竺可桢是收信人之一，他应该感受到了来自中共的善意。
“竺可桢在1949年的4月30日突然离开杭州，这令我们也感到很意外。”许良英说。
但是，竺可桢到了上海后，马上又受到了他的学生们，另外一批中共地下党的保护。
在春光明媚的日子里
以竺可桢原本对大学教育的理解，大学就是个学知识培养人格做学问的地方，不应掺入那么多的政治。但是在当时的中国，不可能有这样的政治真空之地。于子三的遗体下葬时，学生们不顾禁令，打着写有“复仇”大字的旗帜，并散发挽歌：“抬着你的尸体往前走，走在这中国的土地上，仇恨的人呀，记着记着，今天将将士来埋葬。凶手凶手，你不要太高兴，你的死期将到临”……竺可桢一看就知道，这样的队伍上了街，非得酿成惨案。他和学校的老师们极力劝说将葬礼延期。但就是这样，突然从校外冲进一伙暴徒对学生大打出手，一些学生被打得头破血流。
竺可桢后来的校长生涯，就这样将大量时间消耗在政治风潮上，为营救学生和为浙大争取资金，他身心俱疲，心生厌倦。
竺可桢想辞去浙江大学校长职务的念头已经有很久，但他离开浙大的决定却做得很突然。1949年4月28日，他接到教育部长杭立武的一封电报，要他立即到南京去，他回电说现在去不了，因为学校面临疏散传闻，人心惶惶。后来，他得到浙江省保安司令的保证，决不会到浙大抓人，觉得对学校可以放下心了，又听说社会上关于他要出任迎接中共的维持会副主席，他觉得此时再留在浙大，很难讲清自己与政治的关系，那么杭立武的电报，就是离开浙大最好的理由。
4月29日，当竺可桢登上从杭州开往上海的火车时，发现车上挤满了军人，他根本上不了车。换了一趟车上去，从下午两点半直等到7点还不开车，大雨将所有等候的人浇得透湿，谁也不知几点能开车。晚11点多，车终于动了，又不断停下，有士兵从窗口强行爬入，而车站上，已经见不到站长，这一夜的火车，走走停停，让竺可桢饱尝“兵荒马乱”的滋味。
到了上海，竺可桢住在朋友处，他听到了黄莺正在啼鸣。沪、杭、宁一带，当时正值最好的春光，樱桃上市，洋槐盛开，可是，自己将何去何从？
此时竺可桢对国民党已经彻底失望，而且，中国大陆是他研究气象最好的天地，他打定主意不去台湾。所以，当他遇到蒋经国时，就发生了本文最初写到的一幕。但是对于共产党，用他在后来的“思想自传”中的说法，他“对共产党办学方针毫不了解”。他与朋友们探讨，问他们是不是要赴广州(当时国民党政府所在地)，几位朋友“唯唯否否”，觉得去了也“前途茫茫”。
然而在这段动荡的日子里，竺可桢还能坚持读书。在他的日记中，记载了他读过费正清的《美国与中国》、汤因比的《文化在审判中》、马尔萨斯的《人口论》、张荫麟的《中国史纲》，5月24日还在读Heapo的《宇宙之构造》，只是到了炮声越来越密的时候，他也开始看一本小说《风萧萧》，“我素来不看小说，在炮声中无心读书，故翻阅之”。竺可桢在这个时候还能看进去书，可以说他有超常的定力，也可以说他对于学术研究一直充满兴趣，但更可以说，其实他内心已经打定了主意。
5月26日，竺可桢一觉醒来，上海已经易了帜。“解放军在路站岗，秩序极佳，绝不见欺侮老百姓之事。在研究院门前亦有岗位，院中同人予以食物均不受。守门之站岗者倦则卧地，亦绝不扰人，纪律之佳诚难得也。”在当天日记中，竺可桢写下了他见到共产党军队的第一好印象。
新中国成立之后，竺可桢担任了澳门赌场的副院长。在当时李四光副院长尚未回国的情况下，作为搞自然科学的科学家，竺可桢以他脚踏实地的工作和崇高的人望，为建立澳门赌场立下了汗马功劳。
据学者傅国涌的研究，当年国民党中央研究院的81位院士中，有24位选择了离开，其余的都像竺可桢一样，选择了留下。
